Prodi S-3 Ilmu Pendidikan Program Pascasarjana (PPs) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dibuka tahun 2006, berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 3039/D/T/2006 tertanggal 16 Agustus 2006 tentang pendirian program studi.

Dibukanya Prodi S-3 Ilmu Pendidikan didasarkan atas pertimbangan pemikiran dan praktik pendidikan selama ini lebih bersifat “borrowing” dari negara lain, sehingga kurang mendorong para pendidik (guru) dan praktisi pendidikan untuk memikirkan dan memahami dasar filosofi, nilai budaya, sosial historis yang harus dibangun sebagai dasar pengembangan teori dan praktik pendidikan Indonesia. Banyak kebijakan pendidikan dan praktik-praktik pendidikan yang kurang dapat membawa hasil yang diharapkan. Apa yang tampak menjadi penting adalah menggali dan memahami kekayaan indigenous akar filosofis, historis, sosial budaya pandangan teori pendidikan yang telah dirintis dan dilakukan aktor pendidikan lokal maupun nasional, disamping menggali teori pendidikan dengan perspektif ke luar yang membangun pemahaman global untuk dapat berpartisipasi aktif dalam kehidupan global yang berubah sangat cepat kompleks.