Prodi S3 Ilmu Pendidikan di Program Pascasarjana (PPs) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dibuka tahun 2006, berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 3039/D/T/2006 tertanggal 16 Agustus 2006 tentang pendirian program studi.

Dibukanya Prodi S3 Ilmu Pendidikan didasarkan atas pertimbangan pemikiran dan praktik pendidikan selama ini lebih bersifat “borrowing” dari negara lain, sehingga kurang mendorong para pendidik (guru) dan praktisi pendidikan untuk memikirkan dan memahami dasar filosofi, nilai budaya, sosial historis yang harus dibangun sebagai dasar pengembangan teori dan praktik pendidikan Indonesia. Banyak kebijakan pendidikan dan praktik-praktik pendidikan yang kurang dapat membawa hasil yang diharapkan. Apa yang tampak menjadi penting adalah menggali dan memahami kekayaan indigenous akar filosofis, historis, sosial budaya pandangan teori pendidikan yang telah dirintis dan dilakukan aktor pendidikan lokal maupun nasional, disamping menggali teori pendidikan dengan perspektif ke luar yang membangun pemahaman global untuk dapat berpartisipasi aktif dalam kehidupan global yang berubah sangat cepat kompleks.

Program Studi Doktor Ilmu Pendidikan UNY menghadirkan pendidikan doktoral yang berakar pada filsafat dan budaya bangsa, diperkaya dengan perspektif global dan interdisipliner. Sebagai salah satu pusat pengembangan ilmu pendidikan di Indonesia, program ini menonjol melalui keunggulan kajian teori–praktik pendidikan, yang diarahkan pada peminatan dan konsentrasi keilmuan yang relevan dengan kebutuhan masyarakat saat ini.

Dengan dukungan pakar pendidikan, ekosistem riset yang kolaboratif, serta kurikulum yang sejalan dengan standar program doktor internasional, S3 Ilmu Pendidikan UNY membekali mahasiswa untuk:

- menghasilkan teori dan inovasi pendidikan baru,

- menguasai metodologi penelitian mutakhir,

- memecahkan persoalan pendidikan secara lintas disiplin,

- memberikan kontribusi nyata bagi pengembangan pendidikan nasional dan global.

Program ini dirancang bagi calon ilmuwan, akademisi, peneliti, dan pemimpin pendidikan yang ingin membangun karya ilmiah berdampak tinggi serta memperkuat fondasi keilmuan pendidikan Indonesia